Neymar iniciou sua carreira nas categorias de base do Santos na Copa São Paulo de Futebol Jr., em janeiro de 2008, quando tinha apenas 15 anos. Ele participou de duas edições do torneio antes de ganhar destaque no time principal.
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Na Copinha de 2008, o atacante estreou em 10 de janeiro contra o Barra do Garças (MT), vestindo a camisa 21 e entrando no segundo tempo no lugar de Paulo Henrique Ganso. Mesmo com poucos minutos, deu duas assistências na vitória por 5 a 1. O Santos avançou até as quartas de final, sendo eliminado pelo Internacional nos pênaltis.
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Em 2009, Neymar voltou à Copinha como titular do time sub-20. O Santos passou pela fase de grupos sem dificuldades, superando América (SP), União (MT) e Cene (MS). O atacante marcou na estreia, no 4 a 0 sobre o Cene, e anotou dois gols na segunda fase na goleada de 4 a 0 contra o Guarani.
A campanha foi interrompida nas oitavas de final com a derrota por 2 a 1 para o Cruzeiro. O único gol do Santos saiu de um pênalti sofrido por Neymar e convertido por Serginho. Essa foi a última vez que o atacante disputou uma competição de base.
Pouco depois, em 7 de março de 2009, Neymar estreou no time profissional do Santos contra o Oeste, pelo Campeonato Paulista. Naquela temporada, o clube ficou com o vice-campeonato estadual, e o jogador foi eleito revelação do torneio.
